Uso com sucesso há bastante tempo, pessoal e profissionalmente, arquivos do formato KeePass, geridos, no meu caso, com os programas KeePassXC no PC + extensão para navegador, e KeePassDX na tornozeleira eletrônica de bolso (celular). Faço o sincronismo entre todos os dispositivos com Syncthing. O resultado é uma excelente solução com segurança autogerida: sem depender de fornecedores únicos, estruturas de terceiros, 100% software livre, garantindo sua continuidade.

No ambiente desktop, sugiro estabelecer um atalho, p. ex. Ctrl+Alt+K, para abrir rapidamente o KeePassXC que, com alguns ajustes em definições, torna o fluxo bem produtivo.

É preciso necessariamente usar o servidor deles ou pode ser independente?

Acho que seria legal esclarecer, pela licença de cada um, se é realmente software livre (questão de liberdade, não de preço). Obsidian pelo menos, lamentavelmente não é. Logseq, sim: AGPLv3. E Zettlr, vejo agora, GPLv3.

Não tenho certeza de qual licença se aplica a AFFiNE, pois seu site oficial traz termos que parecem ser privativos de liberdade: https://affine.pro/terms